389 पेपर
यह शोध पत्र DDGeoSSE को प्रस्तुत करता है, जो एक डीप लर्निंग-आधारित जनरेटिव मॉडल है जो विविधता-निर्भर जैव-भौगोलिक दरों के अनुमान को सक्षम बनाता है और यह प्रकट करता है कि कैरिबियन एनोलिस छिपकलियों (Anolis lizards) और विबर्नम (Viburnum) पौधों में स्थानीय प्रजातियों की समृद्धि विविधीकरण गतिकी को कैसे आकार देती है।
यह अध्ययन 5.6 x 10⁻⁹ की उत्परिवर्तन दर (mutation rate) स्थापित करने के लिए 33 बार्न उल्लू (barn owl) माता-पिता-संतान त्रिकों का विश्लेषण करता है, जो यह प्रकट करता है कि पिता, माताओं की तुलना में दोगुने उत्परिवर्तन संचारित करते हैं और पितृत्व आयु उत्परिवर्तन दरों को महत्वपूर्ण रूप से बढ़ाती है, जो पक्षियों में जर्मलाइन सेनेसेंस (germline senescence) का प्रत्यक्ष प्रमाण प्रदान करता है।
यह अध्ययन प्रदर्शित करता है कि कच्चे जीनोटाइप डेटा पर प्रशिक्षित मशीन लर्निंग मॉडल हार्ड सिलेक्टिव स्वीप्स के फिक्सेशन के समय का अनुमान लगाने में पारंपरिक सारांश सांख्यिकी (summary statistics) से बेहतर प्रदर्शन नहीं करते हैं, जो यह सुझाव देता है कि स्वीप की आयु से स्वीप के समय को अलग करने के लिए एकल-जनसंख्या जीनोमिक डेटा में बहुत कम अवि descubierto संकेत शेष हैं।
TriMouNet एक नवीन एल्गोरिदम है जो मल्टी-लोकस जीन ट्री वितरणों से लेवल-1 फाइलोजेनेटिक नेटवर्क का अनुमान लगाता है, जो एक पूर्ण नेटवर्क को असेंबल करने के लिए सांख्यिकीय रूप से सर्वोत्तम-फिटिंग ट्रिनेट्स (trinets) का चयन करता है, जिससे यह फाल्स पॉजिटिव्स को कम करते हुए रिटिक्यूलेशन की सटीक पहचान करने में TriLoNet जैसे कॉन्कैटिनेशन-आधारित तरीकों से बेहतर प्रदर्शन करता है।
जंगली वर्वेट बंदरों पर यह अध्ययन प्रकट करता है कि नर-मादा ग्रूमिंग विनिमय छह महीनों में पारस्परिकता की ओर विकसित होते हैं, जो एक ऐसे गतिशील तंत्र के माध्यम से होता है जहाँ मादाएं उच्च प्रारंभिक निवेश की "ऑल-इन" रणनीति अपनाती हैं जो धीरे-धीरे कम होती जाती है, जबकि नर "रेज़-द-स्टेक्स" दृष्टिकोण का पालन करते हैं, जो अंततः यह दर्शाता है कि सहकारी रणनीतियाँ सरल सैद्धांतिक मॉडलों के बजाय जटिल जीवन इतिहास मापदंडों द्वारा आकार लेती हैं।
यह अध्ययन 50 मिलियन वर्षों में छह *Drosophila* प्रजातियों में लिंग-पक्षपाती जीन अभिव्यक्ति का विश्लेषण करता है, जो यह प्रकट करता है कि जबकि शरीर के ऊतक संरक्षित लिंग पक्षपात प्रदर्शित करते हैं, सिर के ऊतक यौन विरोध (sexual antagonism) के बजाय दोनों लिंगों में सुसंगत नियामक परिवर्तनों द्वारा संचालित तीव्र टर्नओवर प्रदर्शित करते हैं, जिसमें इन अभिव्यक्ति अंतरों पर कार्य करने वाले सकारात्मक चयन के प्रमाण मिलते हैं।
यह अध्ययन *Clytia hemisphaerica* के प्लैनुला (planula) और मेडुसा (medusa) के सेल एटलस (cell atlases) के निर्माण और तुलना के लिए सिंगल-सेल ट्रांसक्रिप्टोमिक्स का उपयोग करता है, जो यह प्रकट करता है कि हालांकि दोनों जीवन चरणों में व्यापक कोशिका श्रेणियां साझा हैं, प्लैनुला में कम विविधता प्रदर्शित होती है और इसमें अद्वितीय विशिष्ट कोशिका प्रकार मौजूद हैं जो मौखिक-अधोमुख (oral-aboral) अक्ष के साथ चरण-विशिष्ट कार्यों और विशिष्ट विकासात्मक नियति को दर्शाते हैं।
एक फ्रांसीसी नदी के किनारे से 13 वर्षों में एकत्र किए गए *Caenorhabditis elegans* के संपूर्ण-जीनोम अनुक्रमों का विश्लेषण करके, इस अध्ययन ने प्राकृतिक आबादी में स्वतः उत्परिवर्तन दरों और पैटर्न को परिमाणित किया, जिससे प्रति बेस पेयर प्रति वर्ष 4–5×10⁻⁸ की प्रतिस्थापन दर, प्रयोगशाला लाइनों में देखी गई तुलना में उच्च ट्रांज़िशन-टू-ट्रांसवर्जन अनुपात, और स्थानीय आवास के भीतर सीमित प्रसार के प्रमाण का पता चला।
48 कॉन्ड्रिचथ्यन (chondrichthyan) प्रजातियों के जीनोम का विश्लेषण करके, यह अध्ययन उपयोग किए गए आणविक मार्करों के आधार पर शार्क मोनोफाइली (shark monophyly) के संबंध में विरोधाभासी संकेत प्रकट करता है, फिर भी यह पुष्टि करता है कि जीवित शार्क विविधता मध्य मेसोज़ोइक युग के दौरान तीव्र प्राचीन विविधीकरण का परिणाम थी, चाहे उनका सटीक फाइलोजेनेटिक स्थान कुछ भी हो।
यह समीक्षा जर्म सेल विशिष्टता (germ cell specification) के विकासवादी प्रक्षेपवक्रों और अंतर्निहित तंत्रों के संबंध में नई परिकल्पनाएं प्रस्तावित करने के लिए पैनआर्थ्रोपोडा (Panarthropoda) क्लेड में पूर्वज अवस्था पुनर्निर्माण (ancestral state reconstruction) का उपयोग करते हुए ऐतिहासिक भ्रूणविज्ञान संबंधी डेटा का विश्लेषण करती है।